Какие есть возможности для хранения данных на физических носителях в зашифрованном виде?

Помимо систем типа PGP, позволяющих шифровать содержимое отдельных файлов, еще есть возможности для шифрования на уровне файловой системы. Эти возможности, их достоинства и недостатки, ссылки на софт и описание настройки есть здесь: drt.ailis.de/crypto/linux-disk.html или здесь: encryptionhowto.sourceforge.net Два наиболее широко используемых варианта:

loopback encryption - входит в состав international crypto patch (kerneli.org. Требует как можно более свежие версии losetup и mount. Позволяет использовать любую файловую систему и даже держать закриптованный своп.

пакет cfs, который можно взять здесь: ftp://ftp.zedz.com/pub/crypto/disk/. Не требует изменений в ядре, работает как nfs-сервер.