OCR программ для Linux, понимающих кириллицу, не существует. Можно запускать программы для Windows в виртуальной машине или эмуляторе wine (в нем имеется поддержка работы с SCSI, ориентированная как раз на сканеры. Инструкция находится в documentation/aspi). OCR для латиницы, пригодных для работы, пока по-видимому тоже нет, с положением вещей можно ознакомиться, набрав ocr на freshmeat.net.
Какой есть софт для OCR (оптического распознавания символов)?
Также по теме: