Как мне заставить приложение для иксов использовать шрифты с koi8-r, а не iso8859-1 ?

a) Постарайтесь выяснить, откуда приложение берет имя фонта. Чаще всего приложение хранит имена используемых фонтов в "базе ресурсов": в персональной ~/.Xdefaults или системной /usr/X11R6/lib/X11/app-defaults/ базе. Имена используемых фонтов хранится в форме XLFD, т.е. там можно применять "*". Например:

Netscape*fontList: -*-helvetica-bold-r-*-*-*-120-*-*-*-*-koi8-r

Посмотреть "ресурсы" приложения можно утилитой appres :

$ appres XTerm

В man практически на любую X программу имеется секция RESOURCES. Если программа написана с применением какого-либо "Toolkit"-а : GTK, Qt, Motif, e.t.c., чаще всего достаточно русифицировать Toolkit. Русификация GNOME/Gtk и Qt таким способом описана чуть ниже. b) С помощью ключа -fn font или -font font. Этот ключ обрабатывается в XLIB и он скорее всего будет работать в любой X программе. c) Метод грубого хака. Нужно взять русские шрифты с ftp://ftp.relcom.ru/pub/x11/cyrillic/fonts/, там есть шрифты adobe-*-koi8-1 (c fonts.alias, делающим из них -iso8859-1), но реально содержащие кириллицу в koi8-r в старшей половине. При этом шрифты с теми же именами и "настоящими" символами iso8859-1 становятся недоступны. Стандартных шрифтов из XFree86-cyrillic-fonts недостаточно. Кроме того, пути к русским шрифтам в конфиге иксов или фонт-сервера должны быть впереди всех прочих. Однако лучше не использовать этот метод, а написать автору программы (или прислать ему patch ;) для вынесения имени фонта в "ресурс".